复旦大学国际关系与公共事务学院的前身可追溯到1923年建立的政治学系，1925年政治学系分设研究院部和大学部，1927年政治学系内设政治、法律、市政三组。在1952年的院系调整中，复旦政治学系、法律系与其他九所高校的法律、政治等系合并组成华东政法学院，复旦政治学系停办。

1962年4月2日，经教育部批复同意，复旦大学将马列主义教育系改名为政治学系，复旦政治学科在时隔10年之后得以恢复。

为加强对外国问题的研究，适应国际形势的需要，中央外事小组、中央宣传部联合向中央提出报告，并经毛泽东主席批示同意：在北京大学、中国人民大学和复旦大学成立国际政治系。根据这个指示，学校于1964年2月正式将政治学系改为国际政治系，成为国内最早成立的三个国际政治系之一。国际政治系下设政治学专业和国际政治专业。

1980年，国际政治系在全国率先恢复了政治学专业，建立了政治学教研室，开始招收政治学专业本科生。1984年，根据教育部文件要求，设立了思想政治教育专业。1986年，设立国际关系专业，1988年设立行政管理专业。至此，国际政治系的学科架构基本形成。

2000年10月，在国际政治系的基础上建立了国际关系与公共事务学院，下设政治学系、国际政治系、公共行政系，同时将当时分散在各院系的美国研究中心、日本研究中心、欧洲研究中心、韩国研究中心、俄罗斯研究中心、北欧研究中心和拉丁美洲研究室合并组成国际问题研究院，大国务的学科建设格局基本形成。2009年，增设外交学系。

复旦政治学学科群在改革开放的四十多年中，实行了跨越式发展。在2013年公布的全国一级学科评估中，获得并列第一，在2017年公布的第四轮一级学科评估中，政治学学科被评为A+，公共管理学科被评为A-。2015年，政治学学科被上海市批准为高峰学科A类建设学科，2017年9月，政治学学科被教育部、财政部、中华人民共和国国家发展和改革委员会列为世界一流学科建设名单，获得了前所未有的发展机遇。2021年，建立国家安全学交叉学科一级学科。

学院秉承“卓越为公”的办学理念。在“卓越为公”院训下，学院在党建工作上恪守“卓越为公，国箴务实”，在科研咨政上坚持“卓越为公，守正创新”，在教学育人上坚守“卓越为公，作育国士”，在师生文化上提倡“卓越为公，和衷共济”，学院形成了优秀的学科文化和生态，是中外优秀学子学者向往的求学治学园地。学院立足中国，面向世界，以建设中国特色、世界一流的政治学和公共管理为目标，努力建成一个对社会、国家、人类有更大贡献的学院。