国家安全学旨在培养总体国家安全维护与发展的高层次专门人才。2018年4月，教育部印发了《关于加强大中小学国家安全教育的实施意见》，明确要求设立国家安全一级学科。2020年7月，国务院学位委员会、教育部下发通知，在交叉学科门类设置“国家安全”一级学科。根据统一部署，复旦大学成为全国第一批国家安全学科建设单位，招生硕士生和博士生。国家安全学硕士生和博士生招生单位为国际关系与公共事务学院、计算机科学技术学院、复旦大学上海市重大传染病和生物安全研究院等。

复旦大学国家安全学科由国际关系与公共事务学院牵头，联合校内相关院系科研机构，从事国家安全人才培养和科学研究工作，主要研究领域为国家安全思想和理论、国际安全战略和理论、国别与地区安全、国别安全机制、军备控制、国际安全议题和政策（如恐怖主义、中国海外利益保护、核安全、军备控制、国际冲突管理）、中国海外利益安全、生物安全、网络安全等。国际关系与公共事务学院的公共管理二级学科应急管理学科，同国家安全学科也有交集。

为了推进国家安全学科建设，学院建有校级研究机构国家安全研究中心1个。