公共行政系始建于2000年，是复旦大学公共管理一级学科建设的主要承担者。复旦大学公共管理学科起步于20世纪80年代初，1988年开始招收本科生，专业为“行政管理与政治学”；1990 年正式设立“行政管理”专业，并同时招收本科生和硕士研究生。经过30多年建设，“行政管理”本科专业现为国家一流本科专业。1998 年设立“行政管理”博士点，成为全国首批拥有行政管理专业博士点院校。2000年，全国首批获得公共管理硕士项目（MPA）试点权；2001年，首批授权设立公共管理博士后科研流动站；2003年，全国首批获得“公共管理”一级学科博士、硕士授予权；2020年，全国首批获得“应急管理”二级学科硕士、博士点试点权；2022年，全国首批获得“政府运行保障管理”二级学科硕士、博士点试点权。目前复旦公共行政系承担“行政管理”“公共政策”“应急管理”“政府运行保障管理”等二级学科建设与发展任务。

复旦公共管理学科在第一、第二轮全国一级学科评估中分列第二和并列第一，第四轮评估结果为 A-，第五轮学科评估比第四轮有所提升，在全国始终位列前10。2013年，复旦公共管理硕士项目（MPA）在全国MPA教指委的综合改革试点中获评“优秀”。2017年，复旦公共管理硕士项目（MPA）被教育部和全国MPA教指委遴选为6所高水平认证示范院校之一。2018年，复旦公共管理硕士项目（MPA）获教育部专业学位水平评估公共管理A类院校。

公共行政系的发展目标是：让学生享受一流的教育，始终把培养优秀的学生作为本系的重中之重，以最优质的教育资源培养能够适应中国经济社会发展需要和具有国际竞争力的公共管理者；瞄准公共管理学科前沿和经济社会发展的重大问题，以公共管理体制机制改革为研究重点，以数智化教学和研究为抓手，以创新能力提升为突破口，积极探索跨学科融合协同创新的新模式、学术国际合作的新途径、与国际接轨的师资队伍建设的新机制，统筹推进行政管理、公共政策、应急管理和政府运行保障等二级学科的融合式发展，成为具有重大国际影响的学术高地。同时，立足中国政府建设与发展实践，不断总结提炼中国公共管理的有益经验和管理思想，形成独创性的研究成果，自主构建公共管理知识体系，向学术界和公共管理部门分享学术成果和思想养料。

复旦大学公共行政系目前主办《复旦公共行政评论》（CSSCI来源集刊、中国社科院期刊评价（A刊）来源核心集刊）和《复旦城市治理评论》（中国社科院期刊评价（A刊）来源入库集刊）2种集刊。